Το σήμα του ΠΑΟΚ είναι από τα πιο σταθερά του ελληνικού ποδοσφαίρου και ελάχιστες αλλαγές έχουν γίνει στα 90 χρόνια ιστορίας της ομάδας της Θεσσαλονίκης.
Στις 30 Μαρτίου 1926, ημερομηνία που συγκεντρώθηκαν στη Λέσχη Κωνσταντινουπολιτών οι Τριαντάφυλλος Τριανταφυλλίδης, Κωνσταντίνος Κοεμτζόπουλος, Κωνσταντίνος Κρητικός, Μιχάλης Θεοδοσιάδης, Ιωακείμ Ιωακειμόπουλος,Αριστόδημος Δημητριάδης, Αλέξανδρος Αγγελόπουλος και Μενέλαος Τσούλκας και υπέγραψαν το πρωτόκολλο ιδρύσεως του νέου«ποδοσφαιρικού και Αθλητικού Σωματείου υπό την επωνυμίαν «Πανθεσσαλονίκειος Αθλητικός Όμιλος Κωνσταντινουπολιτών» όπως αναφέρεται και στο σχετικό έγγραφο.
Το πρώτο έμβλημα του ΠΑΟΚ ήταν το τετράφυλλο τριφύλλι και το πέταλο. Τα φύλλα ήταν πράσινα και πάνω από το καθένα ήταν χαραγμένα τα αρχικά της λέξης ΠΑΟΚ. Το σκέφτηκε ο αείμνηστος Κώστας Κοεμτζόπουλος που πήρε την ιδέα από το πακέτο τσιγάρων μάρκας «Λήθη» που κάπνιζε.
Τον Μάρτιο του 1929 έγινε πράξη η προσπάθεια έξι μηνών να ενωθούν οι δρόμοι του ΠΑΟΚ με την ΑΕΚ Θεσσαλονίκης, ομάδες που είχαν προέλθει από την Λέσχη των Κωνσταντινουπολιτών. Η ΑΕΚ Θεσσαλονίκης είχε διαλύσει το ποδοσφαιρικό της τμήμα από το 1927 και διατηρούσε μόνο τα τμήματα του κλασικού αθλητισμού.
Ουσιαστικά έγινε απορρόφηση αυτών των τμημάτων από τον ΠΑΟΚ, αφού δεν υπήρξε απόφαση συγχώνευσης, ούτε διάλυσης του συλλόγου της ΑΕΚ Θεσσαλονίκης στο Πρωτοδικείο. Ο ΠΑΟΚ άλλαξε έμβλημα, πήρε τον Δικέφαλο Αετό και μαζί τις εγκαταστάσεις της ΑΕΚ Θεσσαλονίκης.
Το σήμα της ομάδας πέρασε από πολλές παραλλαγές στην πορεία των χρόνων, αλλά η πιο ουσιαστική ήρθε τον Ιούνιο του 2013 με το χρυσό να αγκαλιάζει το παλιό σήμα. Εμπνευστές και δημιουργοί του νέου λογοτύπου είναι το τιμ της βραβευμένης διαφημιστικής εταιρίας Beetroot Design Group.