Οι διαδικασίες κινήθηκαν στα τέλη του 1925 από διοικητικά και ποδοσφαιρικά στελέχη που προέρχονταν από το πολιτιστικό σωματείο της Ένωση Κωνσταντινουπολιτών Θεσσαλονίκης. Αρχικός σκοπός ήταν να διαχωριστεί το αθλητικό κομμάτι από το υπόλοιπο σωματείο που είχε δημιουργηθεί ως συνδετικός κρίκος των Προσφύγων της Πόλης και να λειτουργήσει με ανεξάρτητη διοίκηση.
Στις 30 Μαρτίου 1926, ημερομηνία που συγκεντρώθηκαν στη Λέσχη Κωνσταντινουπολιτών οι ιδρυτές της ομάδας και υπέγραψαν το πρωτόκολλο ιδρύσεως του νέου αθλητικού συλλόγου ώστε οι διαδικασίες να πάρουν επίσημο χαρακτήρα.
Το αρχικό καταστατικό της Ένωση Κωνσταντινουπολιτών Θεσσαλονίκης άλλωστε προέβλεπε αυτή την εξέλιξη με το άρθρο 27 που ανέφερε “Εάν εν το κοινωνιολογικό τμήματι ιδρυθεί και αθλητικό τμήμα, δύναται τούτο να καταρτισθεί ανεξάρτητον και υπό ιδίαν ονομασίαν, συμφώνως προς τους κανονισμούς της Ολυμπιακής Επιτροπής”. Οι άνθρωποι που πήραν αυτή την πρωτοβουλία ξεκίνησαν με σκοπό να προσθέσουν απλά τον όρο “Αθλητική” στην Ένωση Κωνσταντινουπολιτών Θεσσαλονίκης, αλλά βρήκαν εσωτερικά εμπόδια και η διοίκηση που είχαν εκλέξει κρίθηκε νομικά παράτυπη επειδή δημιουργήθηκε μετά από διοικητικό συμβούλιο και όχι από Γενική Συνέλευση.
Η “μάχη” ανάμεσα στις δύο πλευρές είχε μεγάλη διάρκεια και η κοινή Γενική Συνέλευση που έγινε στις 7 Μαρτίου 1926 για να λύσει ένα πρόβλημα που είχε δημιουργηθεί τον Δεκέμβριο του 1925 έφερε την απόλυτη διάσπαση. Μετά από εσωτερικές συνεννοήσεις όσοι ήταν αντίθετοι στην αποκοπή δημιούργησαν κοινό μέτωπο και πήραν την διοίκηση του Αθλητικού σωματείου. Με 92 ψήφους ο Νίκος Πετρόπουλος αναδείχθηκε πρόεδρος και ισοβάθμησε με τον Αριστείδη Μίσιο που ήταν και αυτός στην πλευρά του.
Στις 20 Απριλίου 1926 το Πρωτοδικείο Θεσσαλονίκης με την απόφαση αριθμός 822 αναγνώρισε τον ΠΑΟΚ και λίγες ημέρες αργότερα έδωσε το πρώτο του ανεπίσημο ματς με το οριστικό του όνομα.
Οι ποδοσφαιριστές που είχαν πρωτοστατήσει στον διαχωρισμό δεν δέχθηκαν την εξέλιξη και έστειλαν ανακοίνωση στις εφημερίδες κατά της διοίκησης που είχε προκύψει. “Δηλώνουμε ότι ανήκαμε και ανήκουμε πάντα στο πρώτο νόμιμο Διοικητικό Συμβούλιο και τελούμε υπό τας διαταγάς του. Δε δεχόμαστε να διοικηθούμε από εσάς, έστω και εάν νομιμοποιηθείτε”. Η απάντηση της νέας διοίκησης της ΑΕΚ Θεσσαλονίκης ήταν η διαγραφή των ποδοσφαιριστών που υπέγραψαν την ανακοίνωση και η παραπομπή τους στην Ένωση Ποδοσφαιρικών Σωματείων Μακεδονίας Θράκης.
Η άλλη πλευρά αντέδρασε στο γήπεδο και στις 28 Μαρτίου 1926 αντιμετώπισαν τον Παναθηναϊκό στην Θεσσαλονίκη με την ονομασία “Αθλητικός Όμιλος Κωνσταντινουπολιτών”. Η ήττα με 5-0 ήταν το λιγότερο αναμενόμενη, αφού οι προστριβές δεν είχαν αφήσει πολλά περιθώρια για προπονήσεις και καθαρό μυαλό. Η επόμενη κίνηση ήρθε στις 30 Μαρτίου 1926, ημερομηνία που συγκεντρώθηκαν στη Λέσχη Κωνσταντινουπολιτών οι Τρ. Τριανταφυλλίδης, Κ. Κοεμτζόπουλος, Κ. Κρητικός, Μ. Θεοδοσιάδης, Ιωακ. Ιωακειμόπουλος, Αρ. Δημητριάδης, Α. Αγγελόπουλος και Μεν. Τσούλκας και υπέγραψαν το πρωτόκολλο ιδρύσεως του νέου αθλητικού συλλόγου ώστε οι διαδικασίες να πάρουν επίσημο χαρακτήρα. Στις 5 Απριλίου πραγματοποιήθηκε η Γενική Συνέλευση, στην οποία πήραν μέρος και οι ποδοσφαιριστές της ομάδας. Στις 20 Απριλίου 1926 το Πρωτοδικείο Θεσσαλονίκης με την απόφαση αριθμός 822 αναγνώρισε τον ΠΑΟΚ και λίγες ημέρες αργότερα έδωσε το πρώτο του ανεπίσημο ματς με το οριστικό του όνομα.
Το πρώτο έμβλημα του Π.Α.Ο.Κ. (1926) ήταν το τετράφυλλο τριφύλλι συνδυασμένο με ένα πέταλο. Τα φύλλα ήταν πράσινα και πάνω από το καθένα ήταν χαραγμένα τα αρχικά της λέξης Π.Α.Ο.Κ. Το σκέφτηκε ο αείμνηστος Κώστας Κοεμτζόπουλος που πήρε την ιδέα από το πακέτο τσιγάρων Λήθη που κάπνιζε.
| ΤΟ ΠΡΩΤΟ ΔΙΟΙΚΗΤΙΚΟ ΣΥΜΒΟΥΛΙΟ | |
| Πρόεδρος | Τριαντάφυλλος Τριανταφυλλίδης |
| Α’ αντιπρόεδρος | Παντελής Καλπακτσόγλου |
| Β’ αντιπρόεδρος | Αθ. Αθανασιάδης |
| Γενικός γραμματέας | Κωνσταντίνος Κρητικός |
| Ειδικός Γραμματέας | Μενέλαος Τσούλκας |
| Ταμίας | Ιωακείμ Ιωακειμόπουλος |
| Έφορος ποδοσφαίρου | Αλέξανδρος Αγγελόπουλος |
| Έφορος αθλητών | Αριστόδημος Δημητριάδης, |
| Σύμβουλοι | Παναγιώτης Μαλέσκας |
| Μιχάλης Θεοδοσιάδης | |
| Κωνσταντίνος Κοεμτζόπουλος | |
